Τις υποθέσεις οι οποίες θα ελέγχονται φορολογικά κατά προτεραιότητα διευκρινίζει με εγκύκλιό του το υπουργείο Οικονομικών, με το βάρος να πέφτει στις περιπτώσεις που υπάρχουν στοιχεία για φοροδιαφυγή, ενώ στο στόχαστρο μπαίνουν όσοι έκαναν χρήση των επενδυτικών νόμων.

Η επιλογή των προς έλεγχο υποθέσεων ενεργείται με ευθύνη των προϊσταμένων των ελεγκτικών υπηρεσιών, ενώ ποσοστό 10% έως 20% των επιλεγομένων για έλεγχο υποθέσεων επιλέγεται από τυχαίο δείγμα.

Συγκεκριμένα, ο έλεγχος διενεργείται κατά προτεραιότητα στις εξής υποθέσεις:

α. Όταν υπάρχουν ουσιαστικές παραβάσεις του Κ.Β.Σ. ή δελτία πληροφοριών ή άλλα στοιχεία για φοροδιαφυγή,

β. Όταν δεν υποβλήθηκαν δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος, ΦΠΑ ή άλλων φορολογικών αντικειμένων,

γ. Όταν υφίστανται μεγάλα πιστωτικά υπόλοιπα ΦΠΑ που δεν δικαιολογούνται από το αντικείμενο δραστηριότητας της επιχείρησης,

δ. Όταν υπάρχουν κατασχεθέντα βιβλία και στοιχεία ή φορολογικές ταμειακές μηχανές

ή φορολογικοί μηχανισμοί,

ε. Σε περιπτώσεις απώλειας βιβλίων και στοιχείων.

στ.Όταν επί επιχειρήσεων παροχής υπηρεσιών που δεν διαθέτουν αξιόλογα αποθέματα ή επί ελευθέρων επαγγελματιών δηλώθηκαν μεγάλα ποσά δαπανών,

ζ. Όταν τα καθαρά κέρδη δεν προσδιορίστηκαν κατά τις κείμενες διατάξεις ή δεν εφαρμόσθηκε ο προβλεπόμενος συντελεστής καθαρών κερδών, εφόσον προβλέπεται ο εξωλογιστικός προσδιορισμός τους.

η. Όταν υπάρχει αδικαιολόγητη διαφορά μεταξύ στοιχείων των δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος και δηλώσεων ΦΠΑ.

θ. Όταν τα δηλούμενα ακαθάριστα έσοδα δεν βρίσκονται σε συμφωνία με τα λοιπά οικονομικά μεγέθη κατά τα οριζόμενα στο άρθρο 4 της παρούσας απόφασης,

ι. Σε περιπτώσεις επιχειρήσεων που από τις υποβληθείσες δηλώσεις προκύπτει χαμηλός συντελεστής μικτού και καθαρού κέρδους,

ια. Όταν έγινε χρήση αναπτυξιακών νόμων.

ιβ. Υποθέσεις επιτηδευματιών φυσικών προσώπων τα οποία, με βάση τα στοιχεία του περιουσιολογίου έτους 2008, υπόκεινται σε φορολόγηση για την ακίνητη περιουσία (Κεφάλαιο Δ' του ν. 3842/2010, ΦΕΚ 58 Α'),

ιγ. Υποθέσεις για τις οποίες δεν έγινε αποδοχή του Εκκαθαριστικού Σημειώματος της παραγράφου 1 του άρθρου 9 του ν. 3888/2010.

ιδ.Υποθέσεις οι οποίες υπήχθησαν στις διατάξεις των άρθρων 13-17 του ν. 3296/2004 και περιλαμβάνονται στις επιλεχθείσες προς έλεγχο δηλώσεις σύμφωνα με τις 1105941 /1845/ΔΕ-Α/ΠΟΛ.1130/6.11.2007 και 1028045/1232/ΔΕ-Α/ΠΟΛ.1035/11.3.2009 Α.Υ.Ο.Ο. και δεν υπήχθησαν στις διατάξεις των άρθρων 1-13 του ν. 3888/2010 και για τις οποίες κατά την ημερομηνία δημοσίευσης της παρούσας απόφασης δεν είχε αρχίσει ο έλεγχος ή είχε αρχίσει και δεν είχε περατωθεί, καθώς επίσης και υποθέσεις οι οποίες υπήχθησαν στις ως άνω διατάξεις του ν. 3296/2004 χωρίς να πληρούνται οι προβλεπόμενοι όροι και προϋποθέσεις υπαγωγής στις διατάξεις αυτές,

ιε. Σε δηλώσεις με τα μεγαλύτερα ακαθάριστα εισοδήματα από κάθε κατηγορία.